Ścieki surowe doprowadzane są do oczyszczalni systemem kanalizacji grawitacyjnej i tłocznej z terenu miasta i gminy Węgorzewo (msc.: Kal, Kolonia Rybacka, Ogonki, Maćki) oraz gminy Pozezdrze (msc.: Harsz, Okowizna i Dziaduszyn). Z terenów pozbawionych sieci kanalizacyjnej, ścieki gromadzone w zbiornikach bezodpływowych dostarczane są taborem asenizacyjnym do punktu zlewnego oczyszczalni.

Warto podkreślić, że proces technologiczny pozwala uzyskać nawóz organiczno-mineralny przeznaczony do stosowania pod rośliny uprawy polowej na wszystkich glebach wymagających wapnowania oraz do rekultywacji gruntów (Spółka posiada Zezwolenie Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi na wprowadzenie do obrotu nawozu organiczno – mineralnego pn. „BIOWAP”).